Der Sage nach soll Falkenstein bereits 1059 durch den Bischof Heinrich von Augsburg erbaut worden sein, nachdem sich der mit dem Grafen Dietpold zu befehden begonnen hatte. Dem allgemein verhassten Bischof soll die Burg also als Zufluchtsstätte gedient haben.

Tatsächlich wurde die Burg jedoch erst 1280 von Graf Meinhard II. zu Tirol erbaut, sie sollte als eindrucksvolles Machtsymbol und als Drohgebärde gegen das Herzogtum Bayern gelten. Allerdings war Falkenstein aufgrund seiner extremen Lage von keinerlei militärischer Bedeutung. Dieser Bau war nicht einmal uneingeschränkt bewohnbar, da die Versorgung mit Lebensmitteln sehr beschwerlich war und das Trinkwasser in Zisternen gesammelt werden musste.

Über die Jahre wandelt sich diese als Drohgebärde gedachte Veste zur berüchtigten Raubritterburg.
Allgäuer Geschichtsfreund Bd. 4 (1891)
"...die Sicherheit des Verkehrs auf der Tiroler Straße war im 14. Jahrhundert von den benachbarten Edelleuten sehr oft gefährdet. Bei den heftigen Fehden unter einander und mit den Städtern bot sich gar zu leicht ein Vorwand, die schwer beladenen Wagen der 'Pfeffersäcke', wie man die städtischen Kaufherren spottweise nannte, auf ihrem Wege nach den größeren Stapelplätzen anzurennen und die kostbaren Frachten als gute Beute nach den nahen Schlössern zu bringen. Als Herzog Leopold 1377 über den 'Väre' (Fernpaß), die Ehrenberger Klause und Füssen in die vorderen Lande ziehend nach Kempten kam, baten ihn die dortigen Obrigkeiten um einen Schutzbrief des Handels wegen, [welchen er am 21. Februar auch ausstellt.]
Allzuviel Erfolg scheint dem jedoch nicht beschieden gewesen zu sein. Denn schließlich wird Falkenstein im Jahr 1424 erstmals gestürmt und 1434 von Truppen des Bistums Augsburg gänzlich niedergebrannt.

1646 wurde die schon damals halb eingestürzte Burg endgültig dem Verfall preisgegeben und gleich wie die benachbarten Burgen Eisenberg und Hohenfreyberg von den Tirolern durch die "Politik der verbrannten Erde" in Schutt und Asche gelegt.

Beinahe wäre es aber geschehen, dass die Überreste Falkensteins einen neuen Aufschwung erlebt hätten! Aber eben nur beinahe:
1883 wollte König Ludwig II. darangehen die Ruine neu aufzubauen und durch einen noch imposanteren Schlossbau, als es schon für Neuschwanstein geplant war, zu ersetzen. Doch durch die immer prekärer werdende finanzielle Lage und schlussendlich dem Tod König Ludwigs II. wurde das hochtrabende Projekt fallen gelassen.

1889 zerstörte ein Blitzschlag auch noch das Übrige was von Falkenstein bestehen geblieben war. 1895 wird die Burgruine öffentlich versteigert.

Heute ist es Deutschlands höchstgelegene Burgruine.